Många forskare anser att reptiler förlust av lämplig livsmiljö är den största enskilda faktorn som bidrar till minskningar av amfibier (Alford och Richards 1999). Till exempel, vissa regioner i USA behålla mindre än 20% av våtmark areal de en gång hade (leja 1998), och därav följande nedgångar i tillhörande amfibiepopulationer har dokumenterats (Lannoo et al. 1994). Många semiakvatiska reptiler är beroende av samma våtmarker. I South Carolina, avlägsnande eller ändring av mer än 90% av Kustnära Slätten Carolina bay våtmarker (Bennett och Nelson 1991) har minskat viktig livsmiljö för svarta träsket ormar (Seminatrix pygaea), östra grönt vatten ormar (Nerodia floridana), och kyckling sköldpaddor (Deirochelys reticularia), vars distribution mönster är begränsad främst till säsongens våtmarker (Buhlmann 1995, Dorcas et al. 1998). På samma sätt, som mossar försvinner i östra USA, så också göra mosse sköldpaddor (Clemmys muhlenbergii), och som strömmar och floder är förorenade, dunkade, eller kanaliseras, riverine karta sköldpaddor (Graptemys) nedgång (Buhlmann och Gibbons 1997). Även om jurisdiktions våtmarken själv är skyddad, i många fall den omgivande mark livsmiljö som behövs av semiakvatiska reptiler för Bon, viloläge platser, och andra refugia är inte (Burke och Gibbons 1995).
Precis som habitatförändringar kan påverka terrestriala salamandrar (demaynadier och Hunter 1995), kan de också orsaka nedgångar i terrestriala reptiler. Förlusten av 97% av den sydöstra longleaf tall livsmiljö (Ware et al. 1993), vilket har bidragit till nedgången i flatwoods salamander (Ambystoma cingulatum, Betyder et al. 1996), har också minskat lämplig livsmiljö för gopher sköldpaddor (Gopherus polyfemos), östra indigo ormar (Drymarchon corais), och östra diamondback skallerormar (Crotalus adamanteus; Guyer och Bailey 1993, Stephen H. Bennett, South Carolina naturarv, Columbia, SC, personlig kommunikation).
Odlade tallplantager i sydöstra Sydafrika har varit inblandade i utrotningshoten av den sällsynta korthåriga benlösa skinken (Acontias breviceps) och försvinnandet av en annan ödla (Eastwoodaes långstjärtade seps, Tetradactylus eastwoodae; gren 1998). I Chiricahua bergen i sydöstra Arizona, avskaffande av infödda bunchgrasses av betande boskap ansågs vara den främsta orsaken till att någon märkbar nedgång i bunchgrass ödla (Sceloporus scalaris), som använder bunchgrasses som skydd mot rovdjur och för att få skydd från den hårda vintern (Ballinger och Congdon 1996). Habitat förlust är det största problemet i nedgången av ormar i Australien (Shine 1991). Sambandet mellan intakt livsmiljö och Art Persistens och välbefinnande är en grundläggande grundsats för ekologi och bevarandebiologi (Meffe och Carroll 1994, Mittermeier et al. 1999) och behöver ingen ytterligare diskussion.
Blotta närvaron av människor kan i vissa fall utgöra en smygande form av nedbrytning av livsmiljöer, även om livsmiljön i sig förblir intakt. Baserat på en 20-årig studie har en träsköldpadda (Clemmys insculpta) befolkning på mer än 130 djur i en skogsklädd vattendelare i New Haven County, Connecticut, praktiskt taget eliminerats sedan området blev öppet för allmänheten (Garber och Burger 1995).